曾昭掄與錢偉長被錯劃為“右派分子”。華羅庚、千家駒與童第周雖然得到保護(hù)而免遭劃為右派，但仍受到多次“批判”。

1957年，華羅庚遭到錯誤批判。當(dāng)時，中國數(shù)學(xué)界大搞“拔白旗”，批判“資產(chǎn)階級學(xué)術(shù)權(quán)威”的運(yùn)動。華羅庚目睹中國數(shù)學(xué)界遭到的破壞與損失，痛心疾首。 

1958年，《人民日報》登載了武漢大學(xué)批判數(shù)學(xué)系講師齊民友的所謂“走白專道路”的文章，由此在全國掀起了“拔白旗運(yùn)動”，華羅庚又被作為數(shù)學(xué)研究所的重點批判對象，他與一些正直的數(shù)學(xué)家被剝奪了發(fā)言權(quán)。

1963年，他借寫《高等數(shù)學(xué)引論》的序言為題，加以發(fā)揮地寫道：“它既是急就章，又是拖沓篇，1958年匆匆上馬。”“錯誤百出，疵謬迭見�！薄熬o緊松松，趕趕拖拖，因而詳略不一，前后不貫，輕重失調(diào)，呼應(yīng)不周等毛病在所難免的了�！� 

1964年，他更在一篇文章中寫道：“向前走了3里路，發(fā)現(xiàn)錯了，不要緊，后退3里，便到原來的出發(fā)點了；但時間卻不能退回到原來出發(fā)的時間，而是花了雙倍時間，時乎時乎不再來！”

1965年，爆發(fā)了持續(xù)10年之久的“文化大革命”。華羅庚的家被查抄過3次，手稿散失殆盡，使不少工作無法再繼續(xù)進(jìn)行。他被貼了不少充滿了造謠污蔑之詞的大字報，還遭到幾次批判。這一情況至1967年即告終止，他可以安靜地呆在家里，甚至可以出去普及“雙法”。較之中國的絕大多數(shù)知識分子，華羅庚算是幸運(yùn)的了，他受到毛澤東主席與周恩來總理的特別關(guān)照。在“文化大革命”前，毛澤東就給華羅庚寫過兩封親筆信。毛澤東去世前，還為華羅庚寫過一個批示。

“文化大革命”期間，眼見著國家遭難，人民受害，他更是百感交集，悲憤萬分。1969年，他的恩師熊慶來遭迫害致死，他都不能去悼念。1978年，熊慶來得到平反后，華羅庚寫道：“惡莫惡于除根計，痛莫痛于不敢啼，尸體已入焚化間，誰是？翻遍蓋面布，方得見遺容一面，骨架一層皮。”

在“四人幫”橫行時，華羅庚雖受到保護(hù)，但他被剝奪了發(fā)言權(quán)，而且實際上被禁止與朋友學(xué)生往來。他的“雙法”普及工作，亦常遭到橫加干預(yù)。在這黑暗的日子里，據(jù)說華羅庚有一個小本子，經(jīng)常偷著寫詩罵“四人幫”，不肯示人，可惜未能留存下來，現(xiàn)僅得一首如下：
　　“并州戰(zhàn)役勝利日，白骨妖魔心如熾。
　　我要分裂停生產(chǎn)，爾輩竟敢搞團(tuán)結(jié)�！�

1970年3月4日，周恩來給他派駐科學(xué)院的聯(lián)絡(luò)員劉西堯批示要保護(hù)華羅庚，追查華羅庚的被竊手稿，發(fā)還被數(shù)學(xué)所封存的華羅庚的文物等，另將華羅庚的工作關(guān)系由科學(xué)院轉(zhuǎn)去人大常委。每當(dāng)談起毛澤東與周恩來對他的保護(hù)，華羅庚總是滿懷感激之情。

1976年，“文化大革命”結(jié)束了。當(dāng)華羅庚在各省普及“雙法”時，也受到了嚴(yán)重的干擾，有的人說什么：華羅庚將優(yōu)選法與路線相提并論，是以目亂綱，華羅庚普及工作不要黨的領(lǐng)導(dǎo)，華羅庚不學(xué)無術(shù)，華羅庚游山玩水，等等。這使他十分氣憤�！八娜藥汀备鼤r時要陷害他。1975年，華羅庚得了心肌梗塞，經(jīng)治療雖幸免于死，但終究種下了致命的病根�！�