二、郝柏林院士報告 主題:生物是物、生物有理
今天非常高興能夠回到59年前我曾經(jīng)學習過的校園,剛才去轉(zhuǎn)了一下,原來的東西剩的很少,變化非常之大。最大的變化是操場變得太小了,原來的操場非常大,在北京是有名的大操場,現(xiàn)在幾乎三面都讓建筑占掉了?傊,回到這兒來,心情是很不一樣的。
今天是奉王綬管先生之命,到這兒來講,題目是“生物是物、生物有理”。今天講物體,說一點“活物”的物理!拔锢怼边@兩個字是來自莊子。我非常喜歡莊子的這段話,這段話告訴我們“天地有大美而不言,萬物有成理而不說。夫圣人者原天地之美,而達萬物之理”,做物理的人是圣人,在這個意義上講,我們要把大自然的美弄清楚,達萬物之理。
如果大家到頤和園去玩,到盤云殿,那是園中園,另外花錢買小票。從西面下來,有一個銅亭,銅亭出來的時候有一個門,出這個門以后回頭看一下那幅對聯(lián),有一句叫“物含妙理總堪尋”。
20世紀的物理學,從微觀世界到宇觀世界,宇宙的大尺度,研究的是又深又遠、又微又細,博大精深。不過基本上是研究“死物”。然而,20世紀的物理學,其中有一些方面,比方對凝聚態(tài)的研究、高分子、橡皮、非晶態(tài)、液晶,現(xiàn)在有一個大的名詞叫軟物質(zhì)的研究,已經(jīng)給研究“活物”做了很多準備,而且有一些直接的貢獻。
從理論上看,20世紀有很大發(fā)展的自然科學、數(shù)理科學,隨機過程、統(tǒng)計物理、計算機科學、非線性科學、復雜系統(tǒng)的研究,實際上給我們研究“活物”也提供了相當多的準備。
有人說21世紀是生物學的世紀,我作為一個物理工作者,我愿意說的是21世紀是活物質(zhì)和生命現(xiàn)象成為物理學研究對象的時代。說的稍微遠一點,作為物理學工作者,自己在這兒吹牛,有許多學問物理做進去了,這門學問才徹底明白了。有一個例子,化學其實比物理還古老,從煉金術,從古人煉丹的時候就開始了,但是化學的基本東西弄清楚,什么叫化學反應,實際上等到物理把原子和分子鬧明白了,化學才徹底明白了。生物是要復雜的多的,物理學跟生物在21世紀會發(fā)生非常之多的交叉和相互作用的,對于我們不敢說是徹底,而是比較深入的了解生命現(xiàn)象,物理學肯定可以起到作用的。
物理學跟生物的作用,實際上是古老的問題。意大利人Galvani做了最早的化學電池,用電解質(zhì)液體的瓶子放在桌子上,但是有一個電流源,可以拿電流做實驗,1791年,18世紀的最后。有了電以后,干什么呢?給蛤蟆腿通電,他逮了一些活的蛤蟆,然后通電,一通電蛤蟆腿收縮,他想弄清楚電的生理作用,想發(fā)展電療。所以我們常說電學跟電生理學是在同一位手里開始的。
生物學對物理學有過很大的貢獻,這就是能量守恒定律。這個能量守恒定律是生物學家、醫(yī)學家先明白的。這個故事是德國的大夫叫Mayer,他是一個隨船大夫,那時西方的航海要比我們的厲害,19世紀,他在爪哇島給病人看病,發(fā)現(xiàn)靜脈血跟動脈血相差比較大,德國人的靜脈血跟動脈血差別比較大,那時拉瓦西知道血液是傳輸送氧氣的,所以Mayer想,之所以在爪哇島反差不大,是因為那個地方溫度高,人們消耗的熱量少一些,而在德國氧的消耗多,所以反差比較大,他進一步想到馬吃草,然后拉車,車轱轆在石頭路上打出火花來,這都是能量在變,而這個能量一定是來自吃的草料里的能量。所以他想機械的能跟熱量一定有關系,大家在物理學里現(xiàn)在學的是熱功當量。實際上Mayer大夫是最早把熱功當量的人,不過他算的并不精確,他想發(fā)表文章,寄到德國的物理雜志,被很多雜志拒絕掉,接受不了他這個觀點。最后他找了一個小雜志,算是發(fā)表了一篇文章,時間是1842年。這篇文章還比大家公認的熱功當量、熱能跟機械能守恒,比焦爾的文章早了一年,焦爾的文章是1843年。同樣是一個大夫,后來的物理學家Joule,把這個推廣到其它的現(xiàn)象,乃至生命現(xiàn)象。
從歷史上看,物理學給生物學提供了非常之多的研究工具,顯微鏡是非常重要的一個。顯微鏡是在荷蘭這一帶,在16世紀末發(fā)明的。有一個荷蘭人叫Leeuwenhoek,他在1683年,首先在臟水里,在顯微鏡下面看到很多小的活動的東西,確認這些小東西是生物。到18世紀末,X射線衍射晶體結(jié)構(gòu),對生物學起了很大的作用。2003年全世界紀念了DNA雙螺旋的發(fā)現(xiàn)50周年,1953年,這個發(fā)現(xiàn)很重要的實驗根據(jù)是把DNA設法結(jié)的晶,然后做X光衍射,在衍射里可以看到有螺旋結(jié)構(gòu)的圖像。同樣的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),最早用X光衍射定出來的是1957年-1959年,這是英國的師生兩個人做的,他們做的什么對象呢?做的是肌紅蛋白跟血紅蛋白,這就是在血肉里傳輸或保存氧氣的蛋白質(zhì)。他們之所以能做這個工作,是因為在市場上買到好幾公斤新鮮的鯨魚肉,鯨魚是哺乳動物,它要呼吸,但它長期在水下,需要在肌肉里保存比較多的氧,它的血紅蛋白比較發(fā)達。他們從新鮮的鯨魚肉開始提取分離蛋白、結(jié)晶,最后測它的結(jié)構(gòu)。血紅蛋白比肌紅蛋白大,大致是四倍,四個肌紅蛋白湊在一塊是一個血紅蛋白。老師跟學生說你做小的,我做大的,大家要注意,這些老師是自己動手的老師,現(xiàn)在有一些老師只動口,不動手,這不是好現(xiàn)象。他讓學生做小的結(jié)構(gòu),他自己做大的結(jié)構(gòu)。學生在1957年做出來,他在1959年做出來,差了兩年,不過在那個時代,差兩年可以認為是同時做出來的,因為非常艱苦。如果大家查一查這位老師的經(jīng)歷,就會知道他為把這個結(jié)構(gòu)定出來,準備工作了30年,才定出來最早的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。因此在60年代初,師生兩個人分享了諾貝爾獎。
其它的各種各樣的儀器,我只能點一下名字,各種各樣的顯微鏡,掃描電鏡、隧道電鏡等等,各種各樣的光譜設備,放射性的標記、示蹤原子,核磁共振對認識生物起了很大的作用。近一百年發(fā)的諾貝爾獎,大概有五個諾貝爾獎跟核磁共振有聯(lián)系。如果用X光做蛋白質(zhì),一定要把蛋白質(zhì)分離成結(jié)晶才能做,很多蛋白質(zhì)不知道怎么結(jié)晶,這不是科學,是一種藝術。但是如果用核磁共振做共振,可以在溶液里做,不要求結(jié)晶,問題是做的蛋白質(zhì)比較小,大了有困難,當然人們正在努力的往大的蛋白質(zhì)走。還有許許多多儀器,叫做化學儀器、生物儀器,從本質(zhì)上看都是物理儀器,到了生物跟化學的實驗室里。
1943年量子力學的創(chuàng)始人之一薛定諤,1943年由于戰(zhàn)爭的緣故,他在英國愛爾蘭首府待著,他在那兒做了兩次公眾演說,演說的題目叫“什么是生命”,這是非常著名的演說,他把這個演講整理出來,出了一個小冊子,也是這個題目“什么是生命”,翻譯成世界各國語言,包括中文漢語,在演說里他提了一些對現(xiàn)代生物學起了很大作用的思想。比如他說人吃飯或者動物吃東西,吃的是什么?到現(xiàn)在也這么說,我們吃的是熱量,算卡路里,他說我們吃的是負熵。熵是混亂程度的測量,一個東西越亂熵越高,越有組織,越有系統(tǒng),熵就降低。他說我們吃的是負熵,吃的是有組織的東西,增加我們組織程度的東西。道理很簡單,吃進去的各種東西,把它消化到哪一步開始吸收。要消耗到原子、分子,不如干脆吃土、吃沙子、喝水,那就太不劃算了。從哲學上講叫做異化和同化,要把這個東西分解到一定的程度,但是要很上算,開始吸收,不能因為吸收以后,在你耳朵上長出豬耳朵,耳朵還是你的。所以異化和同化的過程,在大自然的凈化里解決的很好。薛定諤用物理語言說你吃進去的組織有序,盡量使用上。遺傳藏在哪兒,基因在什么地方,基因大概在組織非晶體里面。在1943年里,基因的概念已經(jīng)有了,基因這個詞是一九零幾年出現(xiàn)的,那個時候知道許多重要的遺傳特征藏在基因里頭,基因排在染色體上,而且大概是線性排列的,甚至估計過一個基因很可能是幾千、上萬個原子,因為在那個時候人們已經(jīng)相信物質(zhì)的基本的東西都是原子、分子,如果估計出來一個基因是幾千、上萬的原子,馬上就遇見一個嚴重的物理問題,這個物理問題是熱漲落,遺傳是非常保守、非常頑強的,雖然有點變異,變異率是相當?shù)偷模值恼f,如果看一個固定的蛋白質(zhì)的某一個位置的氨基酸,什么時候從一個變到另外一個,十億分之一的概率,在一年里發(fā)生變化,概率非常低,有點變化,但基本上非常保守。正因為這個緣故,才能種瓜得瓜,種豆得豆。比如人活在生理溫度37度C,原子不斷遠東運動,這時就會把你保存的信息破壞掉,怎么解釋這個信息能夠一代一代在幾十億年保留下來,是一個根本性的物理問題,當時還不知道這個基因就是在GNA,在GNA里放著,薛定諤猜了大概放在非周期晶體里,在他說了這個話十年之后,定出了DNA雙螺旋結(jié)構(gòu),就是1953。大自然把一個個基因連在非常大的大高分子里,熱漲落的作用就要小多了,同樣的可能同學們聽說過遺傳密碼、三聯(lián)碼,“三”的思想也是物理學家先提出來的,有一個物理學家叫Gamow,1953年定出雙螺旋結(jié)構(gòu),54年他就猜一定是三聯(lián)碼,不光猜,還造了一套三聯(lián)碼,Gamow錯了,大自然沒有采用他的碼。薛定諤講完報告以后50年,在1993年,在他做報告的同一個地方開了一次會,同一個題目“什么是生命”,請了6個諾貝爾獲得者,還請了一些做了很多貢獻的人做報告。1943年薛定諤做報告的時候,聽眾里有一個年輕的中國人,叫彭環(huán)武,是一個不知名的著名科學家,是彭先生70大壽的時候,《人民日報》專門發(fā)表了一篇文章,慶祝他的70大壽,文章的題目就叫做“不知名的著名科學家”,今年是彭先生90大壽,彭先生健在,共和國50年的時候給23位兩彈一星的元勛發(fā)了獎,彭環(huán)武是23個人的名單中的最后一名,不是因為他的貢獻小,而是因為他的比劃太多,彭環(huán)武先生當時很年輕,他的學問很好,40年代后期回國的時候已經(jīng)是愛爾蘭皇家學會的會員。彭先生收到了邀請,讓他去參加93年的會,彭先生說我年紀大了,不出國,不過我們從彭先生那兒知道了這個會,盯住了這個會,這個會議的文紀,很小的一本小冊子,《什么是生命?下一個五十年》。
要想了解生物跟物理,從思想上講有一個很不一樣的地方,就是凈化的觀點。我們搞物理的東西喜歡定態(tài),不隨時間變,要是變的話也是周期,這類系統(tǒng)我們研究的比較多。一接觸生物,就得知道所有的東西都是進化來的,而現(xiàn)在還在變,想了解進化,最好的辦法就是看一下地球上的自然史。140億年前的大爆炸,產(chǎn)生了我們所在的這部分宇宙,40多億年,將近50億年前產(chǎn)生了太陽系,這些年代都不那么可靠,人們用各種方法想辦法推算。30多億年以前,在地球上出現(xiàn)了最簡單的生命?铸垳缃^是6500萬年以前,不到一億年,人跟我們最近的親戚靈掌類猿猴,在古生物里把化石做分類,追溯到350萬年,要去查,現(xiàn)在連700萬年的說法也有,幾百萬年里在古化石里可以區(qū)分古人類化石跟古猿的化石。跟我們最近的親戚黑猩猩分開70萬年前。我們的祖先從非洲走出來好多次,很多次失敗了,沒有活下來。我們這部分人的祖先智人,智人是生物學的學名,從非洲走出來到現(xiàn)在,大概只有3000代,不到10萬年以前,有一小群人從非洲走出來,有人估計這群絕對沒超過50個人。就是這一小群勇敢分子,沿著海邊,他們那個時候?qū)W會打魚,一點點到世界各地,成為了我們的祖先。年頭并不是很多,北京的周口店的北京人,從學問上講,真正分類,大概不是我們的祖先,它在分類里是屬于直立人,跟智人不一樣,不是同種。但是在同一個地方生活過的山頂洞人是智人,可能是北京人的祖先,這個話就很難說了,這段歷史所有考古的問題都是有非常多的中間丟失的環(huán)節(jié),很難連起來。
這些數(shù)字告訴我們,整個地球上的生命現(xiàn)象的變化,發(fā)生在幾十億年的時間里,而人的歷史實在太短。我在最后一行給的是公元前221年秦始皇統(tǒng)一中國,到現(xiàn)在是2226年,時間非常短。在這么短的時間里,人已經(jīng)從所有生活在地球上的動物里面脫離出來,太脫離了,脫離到由我們主宰這個地球,脫離到所有別的物種的生存依賴于我們,我們自己也開始認識這個問題,開始認識自然,認識我們自己。不過人類認識自然、認識自己的過程更晚,19世紀中葉以后,1859年,這個年頭很重要,大家應當注意一下。1859年達爾文發(fā)表了著名的書叫做《物種起源》,這是現(xiàn)在的書名,我愿意用第一個中文翻譯本叫“物種原始”,第一個把這本書翻譯成中文的人是誰?是馬軍武博士,在座的人可能知道蔡元培,不大知道馬軍武。蔡元培是1911年孫中山先生領導辛亥革命勝利,成立中華民國臨時政府,那個政府很精簡,可能不到十個部,其中教育部長就請蔡元培擔任,蔡元培做北大校長是之后的事。當時還有一個實業(yè)部,就是現(xiàn)在各種各樣的工業(yè)加在一塊兒,工業(yè)部的部長請的是千年科技史上最后一位狀元張狀元張柬,副部長叫次長請的是工學博士馬軍武,這兩位都是做完部長、副部長以后當大學校長的人,做教育,馬軍武創(chuàng)辦了廣西大學,蔡元培后來做北大校長,是有名的教育家。在這點上,這些老教育家也是值得我們學習的,F(xiàn)在做完部長的人,再去做大學校長的可能不多,腦子里的等級觀念太厲害。
馬軍武做完了實業(yè)部的部長也好,到廣西做無煙火藥工廠的廠長,然后創(chuàng)辦大學,自己做第一任校長,做很多具體事情。他是孫中山的追隨者,在20世紀初,一九零幾年流亡日本的時候,就著手翻譯達爾文這本書,后來因為辛亥革命就扔下來了,到1918年這本書才在上海出版,到1920年這本書第四次印刷。1859年,對于我們認識生物,認識自然界是重要的,因為達爾文的進化論那個時候提出來。1859年對物理學是重要的,大家可能聽到過量子力學的產(chǎn)生是由于經(jīng)典物理遇見了一些大的矛盾解決不了,其中有一個矛盾就是描寫黑體的熱輻射的理論,它要發(fā)散,沒有一個有限的理論,而這個理論實際上的苗頭從哪兒開始的?就是從1859年發(fā)表的輻射定律開始的,直接鉆這個定律最終要鉆到經(jīng)典物理的矛盾。
1859年還有一件大事,馬克思發(fā)表了政治經(jīng)濟學批判導言。馬克思的這本書實際上是資本論第零卷,后來在資本論第一卷的序言里提到一場斷斷續(xù)續(xù)拖了很長時間的疾病,把我這本書的寫作拉的很長,政治經(jīng)濟學批判是他最早準備的,已經(jīng)提出了思想核心的東西,是一本很值得看的小冊子。不管人們怎么看,馬克思改變了19世紀后半夜,20世紀一直到現(xiàn)在世界歷史的發(fā)展,是一個偉大的思想家,也是一個偉大的學者,當然也是革命家。這些事情都發(fā)生在1859年,算起來不長,一百幾十年。
生物太多了,怎么研究?不可能研究所有的各種各樣的生物,所以現(xiàn)在生物學家們幾十年來、上百年來把工作集中到一些典型的生物上,比方說大腸桿菌、病毒、酵母,酵母是單細胞的,但是不能叫它細菌,它相當高級,跟人一樣是有細胞核、染色體的,細菌只是在細胞里飄著的DNA,沒有跟我們一樣意義的染色體。小蟲子,有一種非常短的小蟲子叫線蟲,果蠅立了大功,遺傳學的很多知識從那兒得到的,有時我開玩笑講線蟲拿了一次諾貝爾獎,果蠅拿了兩次,玉米拿了一次,看它研究的什么東西拿的諾貝爾獎。中國現(xiàn)在在做水稻基因組,水稻還沒有拿諾貝爾獎,不會因為你研究水稻而拿諾貝爾獎,而是通過研究它作為一個典型的生物,發(fā)現(xiàn)了重要的生物現(xiàn)象、生物規(guī)律,這才有可能拿諾貝爾獎。當然,人自己是最重要的模式生物,所有的研究里,人占了很大的分量。
現(xiàn)代生物學研究的核心是遺傳,遺傳是有遺傳物質(zhì)、DNA等等。我把幾個詞先點一下,這幾個詞現(xiàn)在從做物理、做理論的人看來,已經(jīng)粗略化,簡化到符號序列的程度,通?紤]的DNA,脫氧核糖核算,或者沒有脫氧的叫RNA核酸,是高分子、大分子。大家見到的普通的高分子,聚乙烯、聚氯乙烯,是一種單體,把乙烯聚起來就是聚乙烯,把二類乙烯聚起來就是聚氯乙烯等等。DNA是四種不同的單體,每種單體都是好幾十個原子,起了一個名字,通常大家簡單的都知道這幾個字母叫SRAP,四個分子組成四個大分子,是一維的,一條線,不分杈,這個很重要,要是分杈就會出現(xiàn)很多麻煩。它有很多方向,不是人給它的,是許多生物過程自己按照方向進行的,比如復制、轉(zhuǎn)路都有一定的方向。現(xiàn)在知道DNA是保存信息的,而生物功能多數(shù)是由蛋白質(zhì)體現(xiàn)的,蛋白質(zhì)自己又是大分子,而且不是一種單體,是20種單體,每種單體叫一個氨基酸,一共有20種,這些東西比核苷酸平均數(shù)還要小一點,幾十個原子,用20個字母代表,它所構(gòu)成的大分子也是一條線,不分杈,有方向,這個方向是生物學自己的,不是人給的,比方說有的蛋白質(zhì)要在細胞膜或者某種膜上來回穿七次,注定尾巴在一面,腦袋在另一面,哪個放在外面,哪個放在里面是固定,不是亂的,從生物學上有方向的。大小不大一樣,DNA從幾百個字母到百萬甚至一千萬個字母,非常長。蛋白質(zhì)從幾十個字母到幾千個,也許上萬,但是現(xiàn)在絕大多數(shù)到7000、8000就算是很大的。再大了以后,從我們的觀察,自然界不是采取把一個蛋白質(zhì)做的特別特別長,開始用幾個蛋白質(zhì)把它們拼到一塊,拼成一個復合體起作用,這件事情還需要研究和理解。
說到復合序列的時候,不要以為DNA蛋白質(zhì)可以用序列符號描述。蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)也可以用序列符號描述,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)里有很多小層次的東西,可以起名字,用一個符號代表,然后說蛋白質(zhì)從一個小的結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)入另外一個小的結(jié)構(gòu)。生物學的文獻非常多,把文獻調(diào)到屏幕上就是符號串,英文字母、標點符號組成的,所以符號串的研究已經(jīng)抽象離開生物一段距離了,對生物還很重要。
生物學的“中心法則”,DNA可以到DNA,叫復制。DNA可以轉(zhuǎn)路到RNA,信使MRNA,可以翻譯成蛋白質(zhì)。絕大多數(shù)蛋白質(zhì)是起催化作用的酶,酶就是蛋白質(zhì)的某些種。變成蛋白質(zhì)以后折疊起來,還要折疊成一定結(jié)構(gòu),發(fā)生相互作用,才體現(xiàn)出生物功能。這個圖叫做現(xiàn)代分子生物學的“中心法則”。圍繞“中心法則”已經(jīng)給了30多個諾貝爾獎,現(xiàn)在可能并沒有給完。
看一個簡單的圖,細菌只有一個簡單的DNA的圈,托著尾巴的橢圓形的,差不多像大腸桿菌。而另一個細胞大的多,這是不成比例的,細胞里面那塊是細胞核,里面有很多很多各種各樣的東西,三個桔黃色的東西,彎彎曲曲的,叫線粒體,跟我們的呼吸、能量轉(zhuǎn)換有關系。這兩個細胞里有很多圓點,這些圓點是造蛋白質(zhì)的工廠,叫核糖體,大腸桿菌大概有幾萬個,人的細胞里可能有百萬個。
我們的遺傳物質(zhì)在細胞核里藏著,而且在細胞核的最中間這塊藏著。藍色的是遺傳物質(zhì),染色體,這是23對染色體,黑白條不是亂畫的,是把染色體在顯微鏡底下拿特定的染料染一下,什么地方白就一定白,黑就一定黑,研究的人一看就知道是幾號研究體,正常不正常。
一個染色體是從DNA折疊出來的,這個地方的物理到現(xiàn)在還沒有完全明白,畫在最底下的是一個雙螺旋,直徑是兩個納米,是真正的納米結(jié)構(gòu),微觀的東西。但是這樣的東西要每隔一定距離,繞到一團蛋白上,這個蛋白叫組蛋白,繞兩圈半,再往前拉,再繞兩圈半,再往前走,可以叫做絲線上繞上珠子,編辮子,辮子卷成麻花,麻花排成餅,餅要摞起來,最后變成在顯微鏡底下看的時候像一個叉。底下的東西是微觀的,兩納米,而上面的東西是亞宏觀的,用眼睛雖然看不見,用800倍顯微鏡就可以看到大致的樣子。整整齊齊的染色體只是在細胞里生活的一段時間是這樣的,很多情況之下不是這樣的,在一段時間可以叫做比較標準的畫在書里的樣子。
怎樣從這樣的一股東西,經(jīng)過六次明顯對稱的改變,組織上的折疊,成為一個亞宏觀的對象。這個對象真正要轉(zhuǎn)路的時候,有些部位需要很快的用上,要打開,還得把它折疊起來,這些過程在我看來非要到物理學家摳這些東西,兩個大分子纏在一塊兒,把那邊算上去是四個大分子纏在一塊,這些東西的過程要在分子一級最終弄清楚。
生物有很多結(jié)構(gòu),這是艾滋病病毒,不過看不到它的樣子,要用電子顯微鏡等各種手段去做,做完以后藝術家畫出來,畫成這樣的,它相當?shù)膶ΨQ和漂亮。這個東西很小,底下白的斜的是人的免疫系統(tǒng)T細胞的細胞表面,相當于T細胞,很小。生出一些東西欺騙T細胞,最后可以鉆進去。
這些結(jié)構(gòu)的東西里面有很多物理,為什么接近球形?如果一個細菌是圓球,球菌,這是最簡單的形狀。如果這個細菌成為一個棍,成了桿菌,從物理的角度講,就必然有特殊的原因把它的一個方向變得跟其它方向不一樣,它才能變成桿菌。
底下這張圖是從一本書里借的,這是歐洲一些教堂的截面。上面是現(xiàn)在殘留的一千年前的古教堂,那些教堂很小,里頭沒有柱子,旁邊有幾個小窗戶,在歐洲的一些山里還可以看到。后來教堂變大了,這兩個尺度不是一回事,底下的教堂大的多,變大以后,就得長出各種結(jié)構(gòu),各種泡,里頭就得出各種各樣的柱子,這時教堂才能變大。這件事情對生物也是必然的,只有單細胞的時候是球,后來變成別的形狀,里頭要出現(xiàn)很多別的結(jié)構(gòu),這里的問題歸根結(jié)底要靠物理。
這是黏乎乎的黏菌,如果生活環(huán)境好就各自為戰(zhàn),一個分裂成兩個,兩個分裂成四個。如果環(huán)境不好,一個細菌感覺到很難活下去了,就向周圍發(fā)信號說大事不好,這個信號是什么東西呢?是有機分子,把這些分子往外發(fā)。許多生物是用化學的化合物做信號,傳遞信號。所有的細菌覺得環(huán)境不好,都發(fā)信號,所以信號是很亂的一片,但是過一會兒它們突然找到了一個中心,大家都向這個中心聚攏,聚攏起來以后,長成一個菌珠,有一個菌絲,上面長了一個大泡,大量黏菌湊在一塊長出來的。形象地說,大概要犧牲掉80%黏菌才能長出一個泡,泡里有很多孢子,每一個孢子將來可以變成新的黏菌。成為這個子以后,風一吹就可以飄到比較遠的地方去,靠原來微觀的那點,再爬也爬不了多遠,這是它的生存秘訣,情況不好以后就變成孢子,風一吹飄走了,它的后代總有一些有機會碰到可以繼續(xù)生存下去的。但是這件事情從物理學來講,是非常典型的自組織現(xiàn)象,一開始是亂發(fā)信號,突然出現(xiàn)了一個中心,大家往那兒聚,這是突變。光是說這件事就可以說不少,所以黏菌作為自組織的對象,實驗研究已經(jīng)研究了很多年。
說一下輪子的問題。大家沒有見過哪個蟲子是蹬著輪子走的。哪吒是蹬著風火輪的,可是不要以為輪子是人類的專利。細胞里有不少轉(zhuǎn)的東西,大腸桿菌有一根尾巴,使它可以運動,安到細胞膜上,是通過滾柱軸承安上去的,藍色的東西是多個蛋白排成的,比方有九對對稱的,是滾柱軸承。做軸承的可以是圓球,可以是鋼柱,這是滾柱軸承,尺寸很大。
線粒體里有很多表面彎彎曲曲,有很多黑點,如果用超聲波把它打碎,有一小部分自己馬上變成一個小泡,黑點到外面了。再繼續(xù)研究這個東西,就發(fā)現(xiàn)這個東西是長在膜上的,是好幾個蛋白組成的一個小機器,這是一個分子馬達,它換轉(zhuǎn),把這些蛋白劃出來,上面有六塊,三塊大,三塊小,中間有個軸,桔黃色的東西鑲在膜里,膜的兩面如果有一定的電位差,軸就會轉(zhuǎn),剩下的三個蛋白,大塊的,做一件事,一種分子叫ATP,變回來,把ADP變成ATP。
所有的生物過程都需要能量,這些能量不是亂存亂用的,生物體是以非常經(jīng)濟的方式,把它們保存在一個磷酸根里,三磷酸根,什么時候需要能量,就變成二磷酸根放出能量,但是放完以后需要重新充電,重新變回去,在哪兒變的?在紅色的塊里變,靠它轉(zhuǎn)的時候里面的一些生化過程。這些事情做結(jié)構(gòu)做出來的,它果然是轉(zhuǎn)的,在物理實驗室里有人想了辦法,把單個東西拿出來,人做不出來,這是巧奪天工的事情,變成足夠的變位差轉(zhuǎn),在頭兒上接上一根長絲,長絲上接點發(fā)光的東西,可以把它甩出來,長絲的直徑可以是它的200倍,甩起來的東西可以在熒光顯微鏡下看到一個亮點,所以它是轉(zhuǎn)的馬達。
我轉(zhuǎn)到這個領域里,現(xiàn)在是第八年,我們做了一些工作?碊NA的有些結(jié)構(gòu),這個網(wǎng)址里有一個軟件,大家得用Unix系統(tǒng),是.TAR.GZ文件,意義裝到自己的Linux玩去,給出各種各樣的圖案,這是大腸桿菌等等。
發(fā)表水稻基因組的Science,2002年的雜志,定出水稻的12個染色體的基因草圖,這只是很小的一點東西,不是染色體,是水稻的葉綠體,葉綠體也有一點DNA,很小,13萬5000個字母,這是頭,只有4個字母,A、C、G、T,沒有別的,但是還編碼著好幾十個蛋白,編碼著33個TRNA。人是32億,水稻是4.3億,我們拿到了3.9億了,那些在染色體頭上和中間,基因很少,也很難測量,還沒有拿到。
要尋找基因,現(xiàn)在非常多的要靠計算機,把生物知識變成模型,在計算機里實現(xiàn),去尋找基因;蚪M有很多用處,細菌的分類。分類是人類認識自然界的頭一步,給你周圍的東西起名字,誰跟誰一樣,都叫做驢、馬、狗,各種各樣的名字,哪些不一樣,我們跟有一些東西比較接近,都是胎生的,都是喂奶吃的,有一些動物是下蛋的,這就是各種各樣的形態(tài)特征,靠形態(tài)特征對動物和植物油了兩三百年的分類系統(tǒng)。林可能大家聽說過所謂林乃的分類系統(tǒng),但是用這個原理給細菌分類比較傷腦筋,在顯微鏡下看到球叫球菌,棍叫桿菌,螺旋的叫螺旋菌,有的細胞不吃葡萄糖,有的喜歡空氣,有的是厭氧的,有的是脫硫的,但是對細菌而言,沒有多少形態(tài)特征可以供分類用,因此細菌的分類,長期以來是一筆糊涂帳。當然,從上個世紀70年代后期開始有分類,這點分類靠的是DNA、RNA里的序列,最近幾年測了好多個細菌的完全基因組,所謂完全基因組就是全部的遺傳密碼測出來了,細菌比較小,全部的測比較容易,F(xiàn)在大概公開發(fā)表的,大家可以自己下載的不下230個細菌。怎么利用完全基因組細菌?就是從基本的密碼出發(fā)把類分出來,這方面我們做了一些工作。有一棵樹,相當不錯,紅色的一角這一大類叫古細菌,八個綠色的東西是有細胞核的,不是細菌的真核生物。旁邊一大堆藍色的是細菌,或者叫真細菌。古細菌跟真細菌分開,這就是上個世紀70年代后才明白的事情,原來把細菌叫做兩大類。三類的分杈就在大紅點上,所有的生物在大紅點上分成三個大的超界也好,大的域也好。細菌分成了26個門,不過現(xiàn)在測了序的只有16個門,在這個圖上規(guī)規(guī)矩矩的待著,不光門待著,門里的綱,比如固硫菌、固氮的菌都在這里待著,這個分類的圖只用了基因組數(shù)據(jù),這里輸進去,那邊計算機輸出圖,計算機輸出的圖沒這么漂亮,拉的很長,比例不合適,沒有文字,經(jīng)過一點人的美學加工,但是這個圖拿數(shù)學語言叫拓撲,這個東西是不能隨便動。開玩笑地說這些細菌分類學的科學家們真不簡單,他們工作了一百多年,得到了很好的分類系統(tǒng),這個分類系統(tǒng)跟計算機一次輸出達到了相當一致的程度。
我們可以做很多很多事情。我今天講的有些內(nèi)容實際上已經(jīng)寫出來過,在《物理》雜志上,2003年曾經(jīng)連載上下兩期,這篇文章在我的網(wǎng)頁上也放著。
謝謝。
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