地球上的生物有170多萬種,可以分為各種類型的生物。從細(xì)胞的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),可以分為原核生物(prokaruotes,即沒有細(xì)胞核的生物)和真核生物(Eukaruotes,具有細(xì)胞核的生物)兩大類。原核生物包括古菌(Archaea)和細(xì)菌(Bacteria);真核生物包括植物(Plant)、動(dòng)物(Animal)和真菌(Fungus)。每類生物都可以進(jìn)一步分類,例如植物可以分為藻類植物、苔蘚類植物、蕨類植物、種子植物等。動(dòng)物可以分為無脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物,其中脊椎動(dòng)物又可以分為魚類、兩棲類、爬行類、鳥類和哺乳類。我們?nèi)祟惥褪莿?dòng)物中的哺乳類動(dòng)物。除了這種分類方法,是不是還有其他分類法呢?
1987年,英國(guó)科學(xué)家湯瑪斯 卡弗利爾-史密斯(Thomas Cavalier-Smith,1942-)提出,真核生物還可以根據(jù)鞭毛的數(shù)量來分類。例如有一根鞭毛的和有兩根鞭毛的生物就不是同類。這里說的鞭毛,是指真核生物的鞭毛,成分和結(jié)構(gòu)和原核生物的鞭毛不同。
例如單細(xì)胞的衣藻(Chlamydomonas,一種綠藻)有兩根鞭毛,植物的孢子和配子也是雙鞭毛的,而且這些鞭毛都長(zhǎng)在細(xì)胞的前端,即細(xì)胞運(yùn)動(dòng)的方向。與此相反,動(dòng)物的精子(包括人類的精子)、真菌的游動(dòng)孢子、以及一些單細(xì)胞生物如領(lǐng)鞭毛蟲(Choanoflagellate)則只有一根鞭毛,而且長(zhǎng)在細(xì)胞的后方,通過擺動(dòng)“推”著細(xì)胞前進(jìn),它們和植物應(yīng)該不是同一類生物。從這個(gè)事實(shí)出發(fā),地球上所有的真核生物可以被分為兩個(gè)大類:?jiǎn)伪廾铮║nikonta)和雙鞭毛生物(Bikonta)。它們各自都包括單細(xì)胞生物和多細(xì)胞生物,所以是很大的門類。例如單鞭毛生物就包括多細(xì)胞的動(dòng)物和真菌,以及單細(xì)胞的原生動(dòng)物如領(lǐng)鞭毛蟲,也就是包括所有的動(dòng)物和真菌。而雙鞭毛生物則包括植物界中所有的生物,包括藻類和陸生植物。
不過單憑鞭毛的數(shù)量來給生物分類,理由好像不那么充足。要是有些生物后來丟掉了一些鞭毛呢?剛毛藻(Cladophora,也是綠藻的一種)的配子像衣藻一樣,有兩根鞭毛,而孢子卻有四根鞭毛。僅憑一根鞭毛就把一些單細(xì)胞生物、真菌和多細(xì)胞動(dòng)物分為一類也讓人疑惑:真菌的菌絲不運(yùn)動(dòng),而且能夠從頂端伸長(zhǎng),不是更像植物嗎?怎么和動(dòng)物弄到一起去了??jī)H憑有些單細(xì)胞生物只有一根鞭毛,就和多細(xì)胞的動(dòng)物歸為一類,能夠使人信服嗎?這樣做,相當(dāng)于把所有的真核生物縱向切成兩大塊,分別是單鞭毛生物和雙鞭毛生物,每一塊都包含了最簡(jiǎn)單的到最高級(jí)的生物,這遠(yuǎn)比傳統(tǒng)分類中的“門”(Phylum),甚至“界”(Kingdom)還要大,這樣的生物塊是不是太大了?它們真的存在嗎?
但是科學(xué)研究的結(jié)果卻表明,Cavalier-Smith的想法是有道理的,證據(jù)就是生物進(jìn)化過程中一些分子的特征性變化。如果一些生物具有這種特征性變化,而其他生物沒有這種變化,具有這種特征性變化的生物就應(yīng)該來自共同的祖先,屬于同門類的生物。例如在原核生物中,有三個(gè)與嘧啶(DNA的組成成分之一)合成有關(guān)的酶,分別是氨甲酰磷酸合成酶(carbamoyl phosphate synthase)、天冬氨酸轉(zhuǎn)氨甲酰酶(aspartate carbamoyltransferase)、和二氫乳酸酶(dihydroorotase)。這三個(gè)酶各有為自己編碼的基因,在細(xì)胞中分別合成。這三個(gè)酶彼此協(xié)作,用谷氨酰胺為原料合成嘧啶。真核生物是從原核生物進(jìn)化而來的,在真核生物中,這三個(gè)酶的情況又如何呢?在單鞭毛生物中,無論是單細(xì)胞單鞭毛生物的還是多細(xì)胞的動(dòng)物和真菌,這三個(gè)功能彼此聯(lián)系的酶都融合在一起,成為單一的多功能酶,即一個(gè)蛋白分子具有三種酶的活性。這就需要為這三個(gè)酶編碼的基因也融合在一起,成為一個(gè)基因。由于這個(gè)轉(zhuǎn)化過程需要三個(gè)基因經(jīng)過兩次融合才能成為一個(gè)基因,是一個(gè)概率非常低的事件,很難發(fā)生兩次,所以是追蹤生物進(jìn)化路線有用的標(biāo)記,這個(gè)融合基因也就以三個(gè)酶的頭一個(gè)字母合在一起叫CAD基因。所有的單鞭毛生物都有這個(gè)CAD基因,即擁有融合的酶;而在雙鞭毛生物,包括一些高級(jí)多細(xì)胞生物如植物中,這種融合并沒有發(fā)生,三個(gè)基因仍然各自表達(dá)。這個(gè)事實(shí)說明,所有具有CAD融合基因的生物(即單鞭毛生物,不管是單細(xì)胞的還是多細(xì)胞的)應(yīng)該來自共同的祖先,和雙鞭毛生物是不同類別的生物。
另一方面,植物中兩個(gè)與胸腺嘧啶合成有關(guān)的酶,胸苷酸合成酶(Thymidylate synthase)和二氫葉酸還原酶(Dihydrofolate reductase)彼此融合在一起,而這種融合在任何單鞭毛生物中都未曾發(fā)生過,這說明雙鞭毛生物也有自己共同的祖先。從這些事實(shí)出發(fā),把有一根鞭毛的生物與有兩根鞭毛的生物區(qū)分開,各自歸為一大類是有道理的。
在單鞭毛生物中,鞭毛長(zhǎng)在細(xì)胞的后面的生物叫作“后鞭毛生物”(Opisthokont)。多細(xì)胞生物中的動(dòng)物和真菌,以及單細(xì)胞生物中“領(lǐng)鞭毛蟲”門(Choanozoa)和“中粘菌門”(Mesomycetozoa)中的生物,都屬于后鞭毛生物。為了進(jìn)一步證明單細(xì)胞的后鞭毛生物和多細(xì)胞動(dòng)物的關(guān)系,在2005年,英國(guó)的科學(xué)家從20種生物中提取了DNA,并且測(cè)定了為以下四個(gè)蛋白編碼基因的DNA序列:真核生物的轉(zhuǎn)譯延長(zhǎng)因子(Eukaryotic translation elongation factor 1a ,簡(jiǎn)稱EF-1a)、熱休克蛋白70(Heat shock prtotein 70,簡(jiǎn)稱HSP70)、肌動(dòng)蛋白(actin)、beta-微管蛋白(beta-tubulin)。在比較這4個(gè)基因在不同動(dòng)物中的序列差別之后,科學(xué)家發(fā)現(xiàn),后鞭毛生物確實(shí)是一個(gè)獨(dú)立的門類,包括單細(xì)胞的后鞭毛生物和多細(xì)胞的動(dòng)物和真菌。例如在所有的后鞭毛生物中,EF-1a蛋白序列中都有一個(gè)12個(gè)氨基酸單位的插入,而雙鞭毛生物則沒有這個(gè)插入,這就更加證明單細(xì)胞的后鞭毛生物和多細(xì)胞動(dòng)物確實(shí)有共同的祖先。
這些事實(shí)都表明,在真核生物形成的初期,還在單細(xì)胞的階段,就已經(jīng)分化出單鞭毛細(xì)胞(如領(lǐng)鞭毛蟲)和雙鞭毛細(xì)胞(如衣藻)這兩類細(xì)胞了。單鞭毛細(xì)胞后來發(fā)展成為真菌和多細(xì)胞動(dòng)物,同時(shí)有些單鞭毛生物仍然以單細(xì)胞狀態(tài)存在。雙鞭毛生物后來發(fā)展成為藻類和陸生植物,同時(shí)也有一些繼續(xù)以單細(xì)胞狀態(tài)存在。盡管單細(xì)胞生物后來發(fā)展成為多細(xì)胞生物,但是單鞭毛和雙鞭毛的基本特征仍然存在。兩大類生物各有特點(diǎn),成為地球上彼此區(qū)別的兩大類生物。
既然單細(xì)胞的后鞭毛生物和多細(xì)胞動(dòng)物屬于同一大類的生物,有共同的祖先,多細(xì)胞動(dòng)物就很可能是從單細(xì)胞的后鞭毛生物發(fā)展出來的。如果能夠找出單細(xì)胞的后鞭毛生物和多細(xì)胞的動(dòng)物更多的共同點(diǎn),就可以進(jìn)一步證明他們同屬單鞭毛生物??茖W(xué)家使用的方法,還是檢查代表性生物的全部DNA序列,比較它們所擁有的基因。
2008年,由美國(guó)多個(gè)研究機(jī)構(gòu)和德國(guó)的科學(xué)家合作,測(cè)定了單細(xì)胞的單鞭毛生物領(lǐng)鞭毛蟲門中領(lǐng)鞭毛蟲綱(Choanoflagellate)中Monosiga brevicollis的全部DNA序列。2013年,美國(guó)科學(xué)家測(cè)定了領(lǐng)鞭毛蟲綱中的另一個(gè)物種,“群體形成性領(lǐng)鞭毛蟲”(Salpingoeca rosetta,因其能夠聚集形成群體)的全部DNA序列。也是在2013年,西班牙和美國(guó)的多家研究機(jī)構(gòu)的科學(xué)家合作,發(fā)表了領(lǐng)鞭毛蟲門,卷絲球蟲綱中Capsaspora owcazarzaki的全部DNA序列。對(duì)這些DNA序列的分析得出了驚人的發(fā)現(xiàn),大大超出科學(xué)家當(dāng)初的預(yù)期。為了敘述簡(jiǎn)潔,下面我們用Mbre代表Monosiga brevicollis,用Sros代表Salpingoeca rosetta ,用Cowc代表Capsaspora owcazarzaki。
要形成多細(xì)胞動(dòng)物,需要細(xì)胞之間能夠粘連。在多細(xì)胞動(dòng)物中,這種粘連主要是通過鈣粘蛋白(Cadherin)來實(shí)現(xiàn)的。科學(xué)家沒有想到的是,鈣粘蛋白的基因在以上三個(gè)物種的單細(xì)胞生物中都有發(fā)現(xiàn)。
動(dòng)物的上皮細(xì)胞通過“整連蛋白”(Integrin)、纖連蛋白(Fibronectin)、和層粘連蛋白(Laminin)與細(xì)胞外由膠原蛋白(Collagen)組成的細(xì)胞外基質(zhì)相連。而在Cowc和Mbre中,所有這四種類型的基因都已經(jīng)出現(xiàn)。
有些轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors,結(jié)合與基因啟動(dòng)子上的DNA特殊序列,控制基因開關(guān)的蛋白質(zhì))被認(rèn)為是多細(xì)胞動(dòng)物所特有的,例如p53、Myc、Sox/TCF,可是在Cowc和Mbre中,這些基因也已經(jīng)存在。
更令人驚異的是,過去被認(rèn)為是多細(xì)胞動(dòng)物特有的信號(hào)傳遞鏈上的分子,蛋白質(zhì)酪氨酸激酶(Protein tyrosine kinase,簡(jiǎn)稱TK,在蛋白質(zhì)分子中的酪氨酸殘基上加上一個(gè)磷酸分子),在這些單細(xì)胞生物中被大量發(fā)現(xiàn)。在Mbre中,竟有128種酪氨酸激酶,比人類的酪氨酸激酶數(shù)量還多38種!與酪氨酸激酶配合作用的酪氨酸磷酸酶(Tyrosine phosphatase,把酪氨酸激酶加在酪氨酸殘基上的磷酸分子去掉)在這些生物中也有發(fā)現(xiàn)。
最有趣的是群體形成性領(lǐng)鞭毛蟲Sros。雖然它仍然是單細(xì)胞的生物,但是已經(jīng)能夠以5種細(xì)胞形態(tài)存在:慢游泳單細(xì)胞(領(lǐng)鞭毛蟲的典型形態(tài),包括鞭毛和領(lǐng)毛)、快游泳單細(xì)胞(領(lǐng)毛已經(jīng)消失,只剩鞭毛)、通過杯形鞘殼附著在固體上(叫Thecate cells),聚集成鏈的細(xì)胞,和聚集成玫瑰花座形(rosette)的細(xì)胞,這也是其名稱Salpingoeca rosetta的由來。在Sros中,和多細(xì)胞動(dòng)物器官形成有關(guān)的幾個(gè)信號(hào)通路中的一些成分,以及使細(xì)胞出現(xiàn)極性的一些蛋白質(zhì)成分已經(jīng)出現(xiàn)。對(duì)Sros的基因分析表明,Wnt信號(hào)通路中的Wnt基因和連鎖蛋白(Catenin)基因、刺猬蛋白(Hedgehog)信號(hào)通路中含有刺猬蛋白信號(hào)段的基因以及含有刺猬蛋白前體中負(fù)責(zé)肽鏈自我切斷的部分的基因、骨形態(tài)蛋白(BMP)信號(hào)通路中的SMAD基因、轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子(TGF)信號(hào)通路中的TGFb和TGFb受體基因、以及使細(xì)胞出現(xiàn)極性的Crumb復(fù)合物中為PATj蛋白編碼的基因都已經(jīng)出現(xiàn)。
以上事實(shí)說明,領(lǐng)鞭毛蟲門的生物已經(jīng)具有多細(xì)胞動(dòng)物所需要的一些功能蛋白域,包括細(xì)胞間相互作用所需要的蛋白(鈣粘蛋白、整連蛋白、纖連蛋白、層粘連蛋白、Notch信號(hào)通路)、細(xì)胞間信息傳遞(Wnt信號(hào)通路、骨形態(tài)蛋白信號(hào)通路、轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子信號(hào)通路、受體酪氨酸激酶、酪氨酸磷酸酶等)、以及多細(xì)胞動(dòng)物特有的轉(zhuǎn)錄因子(p53、Myc、Sox/TCF等)。這些蛋白功能域在其他單細(xì)胞生物中沒有發(fā)現(xiàn),而只存在于領(lǐng)鞭毛蟲門的生物中,這是領(lǐng)鞭毛蟲門的生物是多細(xì)胞動(dòng)物祖先,他們同屬單鞭毛生物最強(qiáng)有力的證據(jù)。
從具有領(lǐng)毛,單細(xì)胞的領(lǐng)鞭毛蟲到細(xì)胞沒有領(lǐng)毛也沒有鞭毛的人,其間經(jīng)過了十幾億年的發(fā)展歷程,模樣也發(fā)生了翻天覆地的變化,但是人類精子后面那根鞭毛,卻表明我們身體里面的細(xì)胞雖然已經(jīng)沒有鞭毛,但是我們的單細(xì)胞祖宗當(dāng)初為長(zhǎng)出鞭毛的基因仍然存在于我們的DNA中,一有需要(精子形成時(shí))又可以把鞭毛長(zhǎng)回來,證明我們是單細(xì)胞后鞭毛生物的后代。這就像小說《西游記》中的孫悟空,在被二郎神追趕時(shí)變成一座廟,想逃過二郎神的眼睛,不過他的尾巴沒有地方放,只能變成一根旗桿,豎在廟的后方??墒悄睦镉衅鞐U豎在廟后方的道理呢?二郎神據(jù)此判斷出這個(gè)廟是孫悟空變的,先去搗孫悟空的眼睛(廟門兩邊的兩個(gè)圓窗戶),迫使孫悟空變回原形。人類精子后面那根鞭毛,就是暴露我們是后鞭毛生物后代的“旗桿”。
而且群體形成性領(lǐng)鞭毛蟲就已經(jīng)能夠變成沒有領(lǐng)毛,只有鞭毛的形式,模樣和人類的精子非常相似。最簡(jiǎn)單的和最復(fù)雜的后鞭毛生物,在生命的一些階段中竟然還能以同樣的模樣出現(xiàn),不得不讓人驚嘆生物進(jìn)化過程的精妙。