自然保護(hù)區(qū)事業(yè)是政府主導(dǎo)的構(gòu)建人與自然和諧關(guān)系的重大舉措，理論上講是目的性很強(qiáng)、有針對性措施、效用也應(yīng)當(dāng)顯蓍的自然保護(hù)方式，因為我們所有社會活動、政府管理大方向體現(xiàn)的都是以人為本，唯自然保護(hù)區(qū)大方向是以自然為本。如果忽視和否認(rèn)保護(hù)區(qū)以自然為本的本質(zhì)，在與開發(fā)建設(shè)的激烈競爭中它就無法很好地代表自然生態(tài)利益，甚至?xí)フ?dāng)性，也就無法實現(xiàn)國家保護(hù)目的，《全國主體功能區(qū)規(guī)劃》明確自然保護(hù)區(qū)“禁止開發(fā)區(qū)”的地位是有充分道理的。針對申報擬建立自然保護(hù)區(qū)所在區(qū)域可能有開發(fā)建設(shè)計劃而否定保護(hù)區(qū)的建立，以及遷就開發(fā)建設(shè)項目調(diào)整已有保護(hù)區(qū)范圍，曾有人仗義執(zhí)言，說假如北京故宮的下面發(fā)現(xiàn)了石油，難道要把故宮拆了不成？
在一個理性社會，當(dāng)然絕不會為了開采石油拆除北京故宮，因為后者具有永衡的價值。情同此理，按照國家保護(hù)目標(biāo)地理分布及受威脅情況，該建立的自然保護(hù)區(qū)一定能建立，順應(yīng)自然對策發(fā)展需要應(yīng)該采取的人類威脅減免措施一定能落實下去，即便有更大的經(jīng)濟(jì)利益也要規(guī)勸利益相關(guān)方忍痛割愛，當(dāng)仁不讓確保實現(xiàn)保護(hù)功能，就是自然保護(hù)和保護(hù)區(qū)相對于經(jīng)濟(jì)利益及其人類活動的優(yōu)先性，就是堅守保護(hù)的“生態(tài)底線”。而從實踐看，為了自然生態(tài)利益，把一些經(jīng)濟(jì)活動區(qū)轉(zhuǎn)為人與自然共同利用區(qū)或生態(tài)恢復(fù)區(qū)也是完全可能的。
如2000年前后，借著退耕還林還湖政策，新建了不少恢復(fù)性保護(hù)區(qū)，一些保護(hù)區(qū)為形勢使然也多有退耕表現(xiàn)；與保護(hù)區(qū)有交叉的一些油田，采完油后恢復(fù)油井場區(qū)土地生態(tài)功能，繼續(xù)納入保護(hù)區(qū)管理；農(nóng)村進(jìn)行分散居民點的適當(dāng)集中歸并，撤并自然村發(fā)展中心村，遷村并點以及扶貧開發(fā)中騰退出的土地，也有歸并到鄰近保護(hù)區(qū)作為自然保護(hù)用地的。由此而一個自然區(qū)域，即便有重要經(jīng)濟(jì)發(fā)展?jié)摿?，如豐富的土地、淡水、能源（特別是水能、風(fēng)能）、礦藏、生物、旅游資源或不可多得的深水良港、絕佳廠（場）址、壩址等，但區(qū)域本身同時有彰明較著的自然生態(tài)利益需要予以特別保護(hù)時，也不能說就放棄保護(hù)不建立保護(hù)區(qū)，或者任何人類威脅都得不到管理，甚至調(diào)整或整體撤銷保護(hù)區(qū)。這既為實現(xiàn)國家保護(hù)目標(biāo)所必須，也有經(jīng)濟(jì)上的充分可行性，“所必須”代表著自然保護(hù)價值追求和國家長遠(yuǎn)利益，是絕對的，“可行性”代表著經(jīng)濟(jì)社會成本和現(xiàn)時經(jīng)濟(jì)利益關(guān)系，是相對的，可以再選擇，所有經(jīng)濟(jì)活動其實都有替代途徑。社會對大自然仍然充滿著愛，我們對自然保護(hù)區(qū)的未來充滿信心。
但是，自然保護(hù)區(qū)是自然-經(jīng)濟(jì)-社會復(fù)合生態(tài)系統(tǒng)現(xiàn)狀下的劃區(qū)保護(hù)，本身雖然追求以自然為本，卻存在于全社會以人為本的汪洋大海中，每一個自然保護(hù)區(qū)的每一天差不多都受到程度不同的人類活動影響，也是“樹欲靜而風(fēng)不止”，不是可以想當(dāng)然成為世外桃源的。一個自然保護(hù)區(qū)的批建和運行管理，不是只劃界立標(biāo)、保護(hù)區(qū)域生態(tài)自然性和野生動植物自由生存繁衍空間良好性的孤立事件，而是涉及社區(qū)居民生產(chǎn)生活、所在地甚至更大范圍人和事的現(xiàn)狀與未來，也會經(jīng)常面臨社會上各種商業(yè)性開發(fā)建設(shè)訴求，和經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展有著密切聯(lián)系。
自然和人民大眾，是一個國家最可寶貴的資源和財富，從人的一般價值取向和事物發(fā)展的一般規(guī)律出發(fā)，無論政府治理還是公民社會，都會尋求保護(hù)和發(fā)展也即自然和人的利益的最大平衡。過去一個時期，人們只顧實施人類自己的對策，戰(zhàn)天斗地，竭澤而漁，破壞生態(tài)平衡，威脅地球生命支持體系安全，這種不可持續(xù)的發(fā)展方式已被唾棄。但是，人們也不希望經(jīng)由自然保護(hù)區(qū)張揚(yáng)自然生態(tài)利益，創(chuàng)造有利于自然對策發(fā)展的條件時，對人的現(xiàn)實利益造成太大影響，果真如此也是自然保護(hù)區(qū)不能承受之重。自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)為主、兼顧發(fā)展，確保自然對策最大化，又要應(yīng)對人類對策最大化的現(xiàn)實和潛在威脅，不僅有社區(qū)經(jīng)濟(jì)社會體系，社會上涉自然保護(hù)區(qū)開發(fā)建設(shè)訴求也很多，有的事關(guān)基本民生問題，有的屬相鄰關(guān)系，有的是公共利益，更多的為商業(yè)利益，不能全支持，也不能全反對，要以事物本身的合理性及實際生態(tài)影響盡量科學(xué)把握。
如果限制和禁止事項太多，傳統(tǒng)社區(qū)主人翁地位流失，生產(chǎn)生活受影響甚至生存困難，就背離了以人為本，一些相鄰關(guān)系方、公共利益方也會有更大意見；但是沒有具體管控要求，不畫杠杠、沒有政策，就起不到保護(hù)的作用。而土地和水體都具支持自然保護(hù)和經(jīng)濟(jì)發(fā)展的復(fù)合功能，其中某些功能是相互獨立乃至對立的，當(dāng)開發(fā)利用強(qiáng)度較小且用途比較單一時，和自然保護(hù)的矛盾不明顯，當(dāng)集約和過度利用時不能兼容保護(hù)的問題就暴露出來了。如導(dǎo)致土地功能改變、草場退化、森林消失、水面干涸或水體富營養(yǎng)化、動植物適宜生境減少；河流自然特征改變、生境隔離、洄游通道阻斷、大型水生動物失去避害趨利的生境條件和生物功能（如聲納失靈）等。旅游，在一定程度上可以制約生態(tài)后果更為嚴(yán)重的其他開發(fā)建設(shè)活動，可是當(dāng)經(jīng)濟(jì)利益促使過度開發(fā)旅游時也會出現(xiàn)破壞。
自然保護(hù)區(qū)從人與自然矛盾中來，繼續(xù)糾結(jié)在利益沖突中，需要有“生態(tài)優(yōu)先”的思想和決策方向，“生態(tài)底線”的堅守，也需要處理涉及到的發(fā)展建設(shè)、經(jīng)濟(jì)利益等具體問題，這就有個以自然為本前提下，如何管理人類威脅也即如何體現(xiàn)、落實、達(dá)到“保護(hù)”的問題。從歷史經(jīng)驗、社會現(xiàn)實和自然生態(tài)發(fā)展對策看，自然保護(hù)區(qū)工作既要始終堅持生態(tài)優(yōu)先的思想和決策方向，牢牢把握生態(tài)底線不突破，爭取最大可能的保護(hù)，促進(jìn)自然對策最大化；也要盡可能增強(qiáng)與發(fā)展的協(xié)調(diào)性，不能眉毛胡子一把抓，為了一些不必要的更嚴(yán)格保護(hù)舉措或價值不大的重置性保護(hù)，引發(fā)更多新的矛盾沖突，確保在實現(xiàn)保護(hù)目標(biāo)的過程中，對人類現(xiàn)實利益的制約、沖擊是理性的、合理的，自然生態(tài)和社會公論都可以接受的。我們是唯物主義者，是在人的生存發(fā)展也面臨許多限制因素、經(jīng)濟(jì)社會現(xiàn)狀不怎么令人滿意的人類社會體系中開展自然保護(hù)，維護(hù)自然對象物利益，要以科學(xué)的態(tài)度、最大的誠意，從理論和實踐上追求與經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展、與人類基本利益訴求更為和諧的自然保護(hù)，樹立更容易為可持續(xù)發(fā)展社會主流意識所接受和人民大眾更喜愛的自然保護(hù)區(qū)形象。