在自然保護區(qū)語境中，“保護”遠非普遍意義上的自然資源合理開發(fā)利用、生態(tài)環(huán)境保護所能涵蓋的，而是有著具體地理空間、代表性（主要）保護對象、長遠保護目標和選擇性管護措施的保護，主要是最大限度地禁止和限制以追求經(jīng)濟利益最大化為目的，可能改變保護地域自然原貌和自然生態(tài)進程的人類活動，據(jù)以最大限度地維護和張揚自然生態(tài)利益。自然保護工作基于保護區(qū)已經(jīng)發(fā)展出多項功能，包括支持科研教學（發(fā)揮生物學、生態(tài)學、歷史文化樣本和基地作用）、開展宣傳教育（自然科學及人文信息展示、傳統(tǒng)文化、知識傳播與環(huán)境教育、參觀游覽、文學藝術創(chuàng)作）和促進社區(qū)發(fā)展（促進交流、替代產(chǎn)業(yè)）等，但第一位的任務仍然是有效管理人類威脅，防止開發(fā)破壞，維護區(qū)域生態(tài)的自然性。
自然保護區(qū)不是單一保護功能，但實現(xiàn)保護是前提，其他都圍繞保護、為了保護或得益于保護而展開，并且建立在保護目的充分實現(xiàn)基礎上。因而，在傳統(tǒng)經(jīng)濟學原理和一般知識體系中，自然保護區(qū)除具有自然資源的貯備功能外，不是現(xiàn)時經(jīng)濟活動的展開、發(fā)展的促動、財富的積累、國民生產(chǎn)總值的增長，而是經(jīng)濟的“負消耗”，是站在大干快上等經(jīng)濟活動“對立面 ”的。如一個依法建立并有管理的自然保護區(qū)，依法具有不作為典型經(jīng)濟社會發(fā)展區(qū)域，以及不接受開發(fā)建設活動干擾、破壞的優(yōu)先性，也就是不能進行對自然對象物可能造成實質性危害的資源開發(fā)利用和生產(chǎn)建設活動，針對各種可能的開發(fā)建設計劃要進行充分有效的協(xié)調、優(yōu)化，要未雨綢繆地主動監(jiān)管可能的開發(fā)建設威脅，該禁止、限制的要堅決予以禁止、限制，千方百計防止人類活動對自然保護區(qū)的冒犯、經(jīng)濟利益對生態(tài)利益的沖擊。然而，我們整個國家治理是以經(jīng)濟建設為中心的，樹立和落實科學發(fā)展觀，第一要義也還是發(fā)展，發(fā)展是人類社會的真諦，不發(fā)展就沒有出路。
所以，一個具自然價值和保護價值的自然區(qū)域，盡管從直接自然生態(tài)利益和間接人類利益出發(fā)，將其作為自然保護區(qū)意義重大，但如果這一區(qū)域同時蘊藏有經(jīng)濟社會發(fā)展資源并且具備開發(fā)利用條件的，隨時都有可能遇到基于現(xiàn)時發(fā)展訴求和經(jīng)濟利益驅動的人類社會的覬覦和威脅。自然保護區(qū)為防范這種覬覦和威脅的事實發(fā)生而建立，并且耗費人力、財力持續(xù)進行著管理，然而某些情況下，仍逃避不了現(xiàn)實經(jīng)濟利益誘惑下各種形形色色的開發(fā)建設活動的挑戰(zhàn)，時刻存在著失去“自然”性而變?yōu)榘l(fā)展區(qū)域的風險。
客觀上的原因在于，構成和承載保護區(qū)自然價值的地域空間——土地、水域和內生其中的或經(jīng)過的（如風）生態(tài)系統(tǒng)組分——森林、草地、水體、礦藏、資源性野生動植物、各種景觀及一定厚度的地表（溝通地表、地下水）、一定高度的凈空（與鳥類起降飛行、植物生長、景觀保持有關）等，同時具有經(jīng)濟資源要素屬性，可以作為財富之源，用于經(jīng)濟社會建設，轉化為現(xiàn)實經(jīng)濟利益，直接服務于人的生產(chǎn)生活，并且“為了人”的目的性很有吸引力，其作用、意義很容易被放大。這種自然生態(tài)利益與人類社會經(jīng)濟利益在一個具體自然生態(tài)區(qū)域、具體自然對象物上的同源性特征，使自然保護區(qū)的建立和運行管理牽涉到了人與自然、發(fā)展與環(huán)境以及眼前與長遠、個體（集體、團體、企業(yè)、單位）與社會、局部（地方、部門）與全局等各種復雜的社會經(jīng)濟利益關系。
生活在現(xiàn)實社會中的人，在自然保護和經(jīng)濟發(fā)展問題上也常常表現(xiàn)強烈的兩重性特點，當著保護和發(fā)展、和經(jīng)濟利益沒有矛盾沖突的時候，倡導和落實保護是沒有問題的，自然保護區(qū)初建首先得到所在地政府大力支持，國家級自然保護區(qū)自下而上的產(chǎn)生模式表明得到了各級政府的大力支持，各級機構編制管理部門根據(jù)需要批準設立自然保護區(qū)專門管理機構和適當?shù)娜藛T編制、各級財政部門盡可能安排保護區(qū)運行管理所需經(jīng)費等，都充分說明了這一點。然而當保護和發(fā)展有矛盾時，情況就開始變化，是繼續(xù)維護自然生態(tài)利益還是尋求“看得見、摸得著”的現(xiàn)實經(jīng)濟利益，會有不同的處理方式，有堅持保護的，也有千方百計放棄保護的。人們常說發(fā)展與保護是對立的統(tǒng)一，可以并行不悖實現(xiàn)雙贏，這只能是抽象概念和宏觀把握，不能代替處理具體地點、具體保護對象與具體開發(fā)建設項目間的具體矛盾沖突，因為已經(jīng)很具體了，雙贏的目標趨向會受到雙方相互掣肘限制。人們也總結人類幾千年文明史，面對嚴重環(huán)境問題高度重視走可持續(xù)發(fā)展道路，不斷采取各種有效措施，尤其突出強調了保護生物多樣性、維護自然生態(tài)利益的極端重要性，但這并不代表自然保護區(qū)必然會優(yōu)先于經(jīng)濟社會發(fā)展，在各種矛盾沖突中都能勝出，確保順利到達目標彼岸。所以，現(xiàn)在自然保護區(qū)事業(yè)雖然在總體上取得較大成就，但許多保護區(qū)都面臨著嚴峻挑戰(zhàn)，一些自然價值高度沒有得到很好維護，有些甚至遭遇被開發(fā)破壞的厄運。
我國自然保護區(qū)工作走到今天，雖然在完善目標覆蓋、全面發(fā)揮各項功能上還存在不小差距和許多困難，如保護目標導向下合理的空間布局和面積規(guī)模，珍稀瀕危物種的生境改善和種群復蘇，土地使用權人經(jīng)濟利益受損后的（生態(tài)）補償及區(qū)社和諧關系的構建，科研監(jiān)測、宣傳教育要達到的高度，旅游休閑、影視拍攝等非資源消耗性利用活動的合理掌控，進一步完善工作體制、機制以降低成本、提高效能等。但除有針對性新建自然保護區(qū)適應一些自然對象物的搶救性保護需要外，最緊迫也是最棘手的問題，仍然是如何正確應對與發(fā)展的矛盾和利益沖突，切實維護自然保護區(qū)不被實質性開發(fā)破壞的大局。大家都在講加強保護區(qū)管理，也有不小的人、財、物成本開支，但許多自然保護區(qū)地位并不穩(wěn)定，盡管它由人自主設立，可是人亦常常還其以眼色，新的開發(fā)建設不斷，一些保護區(qū)被通過各種方式改變了自然之常態(tài)，成為典型的經(jīng)濟社會發(fā)展區(qū)域，甚至出現(xiàn)“保護區(qū)”變成“開發(fā)區(qū)”的現(xiàn)象（中國環(huán)境報，2012.3.16），自然保護區(qū)也需要被保護的呼聲不絕于耳。這是關乎自然保護區(qū)事業(yè)成敗的重大問題，解決的關鍵是在何原則下來處理自然保護和發(fā)展、和經(jīng)濟利益的關系，決定性因素在于人，在于決策者的睿智和堅守，也在于廣大公眾的決策參與。
以發(fā)展壓保護，不堅持保護，放棄保護，是錯誤的，誰也擔當不起此一歷史責任；脫離實際搞過度保護，也不是科學的態(tài)度，將加劇更大范圍內人與自然的矛盾；不能合理救濟為自然保護區(qū)事業(yè)做出貢獻的地方和人民盡快趕上全國發(fā)展的步伐，僅靠他們的熱情和自上而下的要求搞保護，亦絕難長久堅持。我們要積極主動地面對保護與發(fā)展業(yè)已存在的和有可能新發(fā)生的各種具體矛盾和利益沖突，努力從指導思想、經(jīng)濟政策、體制機制等方面尋求新的突破，提供良好的保護環(huán)境，呵護自然保護區(qū)事業(yè)一路走好，實現(xiàn)其偉大歷史使命。我國現(xiàn)代自然保護區(qū)事業(yè)雖然已有幾十年歷史，保護區(qū)面積占國土面積的比例也已達到約15%，但和悠久的人類文明史相比還很幼稚，在到處充滿著的人類活動威脅下還存在很大的不確定性。自然保護和保護區(qū)還需要在同以經(jīng)濟發(fā)展為中心的社會主流價值觀念、主體運行模式以及不同行業(yè)、部門、地區(qū)、社會群體甚至個人利益的矛盾磨合中曲折前行，猶如逆水行舟不進則退，我們對此應該有充分的估計，有能力科學應對各種情況并大有作為才對。