在自然保護(hù)區(qū)語(yǔ)境中，“保護(hù)”遠(yuǎn)非普遍意義上的自然資源合理開(kāi)發(fā)利用、生態(tài)環(huán)境保護(hù)所能涵蓋的，而是有著具體地理空間、代表性（主要）保護(hù)對(duì)象、長(zhǎng)遠(yuǎn)保護(hù)目標(biāo)和選擇性管護(hù)措施的保護(hù)，主要是最大限度地禁止和限制以追求經(jīng)濟(jì)利益最大化為目的，可能改變保護(hù)地域自然原貌和自然生態(tài)進(jìn)程的人類活動(dòng)，據(jù)以最大限度地維護(hù)和張揚(yáng)自然生態(tài)利益。自然保護(hù)工作基于保護(hù)區(qū)已經(jīng)發(fā)展出多項(xiàng)功能，包括支持科研教學(xué)（發(fā)揮生物學(xué)、生態(tài)學(xué)、歷史文化樣本和基地作用）、開(kāi)展宣傳教育（自然科學(xué)及人文信息展示、傳統(tǒng)文化、知識(shí)傳播與環(huán)境教育、參觀游覽、文學(xué)藝術(shù)創(chuàng)作）和促進(jìn)社區(qū)發(fā)展（促進(jìn)交流、替代產(chǎn)業(yè)）等，但第一位的任務(wù)仍然是有效管理人類威脅，防止開(kāi)發(fā)破壞，維護(hù)區(qū)域生態(tài)的自然性。
自然保護(hù)區(qū)不是單一保護(hù)功能，但實(shí)現(xiàn)保護(hù)是前提，其他都圍繞保護(hù)、為了保護(hù)或得益于保護(hù)而展開(kāi)，并且建立在保護(hù)目的充分實(shí)現(xiàn)基礎(chǔ)上。因而，在傳統(tǒng)經(jīng)濟(jì)學(xué)原理和一般知識(shí)體系中，自然保護(hù)區(qū)除具有自然資源的貯備功能外，不是現(xiàn)時(shí)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的展開(kāi)、發(fā)展的促動(dòng)、財(cái)富的積累、國(guó)民生產(chǎn)總值的增長(zhǎng)，而是經(jīng)濟(jì)的“負(fù)消耗”，是站在大干快上等經(jīng)濟(jì)活動(dòng)“對(duì)立面 ”的。如一個(gè)依法建立并有管理的自然保護(hù)區(qū)，依法具有不作為典型經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展區(qū)域，以及不接受開(kāi)發(fā)建設(shè)活動(dòng)干擾、破壞的優(yōu)先性，也就是不能進(jìn)行對(duì)自然對(duì)象物可能造成實(shí)質(zhì)性危害的資源開(kāi)發(fā)利用和生產(chǎn)建設(shè)活動(dòng)，針對(duì)各種可能的開(kāi)發(fā)建設(shè)計(jì)劃要進(jìn)行充分有效的協(xié)調(diào)、優(yōu)化，要未雨綢繆地主動(dòng)監(jiān)管可能的開(kāi)發(fā)建設(shè)威脅，該禁止、限制的要堅(jiān)決予以禁止、限制，千方百計(jì)防止人類活動(dòng)對(duì)自然保護(hù)區(qū)的冒犯、經(jīng)濟(jì)利益對(duì)生態(tài)利益的沖擊。然而，我們整個(gè)國(guó)家治理是以經(jīng)濟(jì)建設(shè)為中心的，樹(shù)立和落實(shí)科學(xué)發(fā)展觀，第一要義也還是發(fā)展，發(fā)展是人類社會(huì)的真諦，不發(fā)展就沒(méi)有出路。
所以，一個(gè)具自然價(jià)值和保護(hù)價(jià)值的自然區(qū)域，盡管從直接自然生態(tài)利益和間接人類利益出發(fā)，將其作為自然保護(hù)區(qū)意義重大，但如果這一區(qū)域同時(shí)蘊(yùn)藏有經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展資源并且具備開(kāi)發(fā)利用條件的，隨時(shí)都有可能遇到基于現(xiàn)時(shí)發(fā)展訴求和經(jīng)濟(jì)利益驅(qū)動(dòng)的人類社會(huì)的覬覦和威脅。自然保護(hù)區(qū)為防范這種覬覦和威脅的事實(shí)發(fā)生而建立，并且耗費(fèi)人力、財(cái)力持續(xù)進(jìn)行著管理，然而某些情況下，仍逃避不了現(xiàn)實(shí)經(jīng)濟(jì)利益誘惑下各種形形色色的開(kāi)發(fā)建設(shè)活動(dòng)的挑戰(zhàn)，時(shí)刻存在著失去“自然”性而變?yōu)榘l(fā)展區(qū)域的風(fēng)險(xiǎn)。
客觀上的原因在于，構(gòu)成和承載保護(hù)區(qū)自然價(jià)值的地域空間——土地、水域和內(nèi)生其中的或經(jīng)過(guò)的（如風(fēng)）生態(tài)系統(tǒng)組分——森林、草地、水體、礦藏、資源性野生動(dòng)植物、各種景觀及一定厚度的地表（溝通地表、地下水）、一定高度的凈空（與鳥類起降飛行、植物生長(zhǎng)、景觀保持有關(guān)）等，同時(shí)具有經(jīng)濟(jì)資源要素屬性，可以作為財(cái)富之源，用于經(jīng)濟(jì)社會(huì)建設(shè)，轉(zhuǎn)化為現(xiàn)實(shí)經(jīng)濟(jì)利益，直接服務(wù)于人的生產(chǎn)生活，并且“為了人”的目的性很有吸引力，其作用、意義很容易被放大。這種自然生態(tài)利益與人類社會(huì)經(jīng)濟(jì)利益在一個(gè)具體自然生態(tài)區(qū)域、具體自然對(duì)象物上的同源性特征，使自然保護(hù)區(qū)的建立和運(yùn)行管理牽涉到了人與自然、發(fā)展與環(huán)境以及眼前與長(zhǎng)遠(yuǎn)、個(gè)體（集體、團(tuán)體、企業(yè)、單位）與社會(huì)、局部（地方、部門）與全局等各種復(fù)雜的社會(huì)經(jīng)濟(jì)利益關(guān)系。
生活在現(xiàn)實(shí)社會(huì)中的人，在自然保護(hù)和經(jīng)濟(jì)發(fā)展問(wèn)題上也常常表現(xiàn)強(qiáng)烈的兩重性特點(diǎn)，當(dāng)著保護(hù)和發(fā)展、和經(jīng)濟(jì)利益沒(méi)有矛盾沖突的時(shí)候，倡導(dǎo)和落實(shí)保護(hù)是沒(méi)有問(wèn)題的，自然保護(hù)區(qū)初建首先得到所在地政府大力支持，國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)自下而上的產(chǎn)生模式表明得到了各級(jí)政府的大力支持，各級(jí)機(jī)構(gòu)編制管理部門根據(jù)需要批準(zhǔn)設(shè)立自然保護(hù)區(qū)專門管理機(jī)構(gòu)和適當(dāng)?shù)娜藛T編制、各級(jí)財(cái)政部門盡可能安排保護(hù)區(qū)運(yùn)行管理所需經(jīng)費(fèi)等，都充分說(shuō)明了這一點(diǎn)。然而當(dāng)保護(hù)和發(fā)展有矛盾時(shí)，情況就開(kāi)始變化，是繼續(xù)維護(hù)自然生態(tài)利益還是尋求“看得見(jiàn)、摸得著”的現(xiàn)實(shí)經(jīng)濟(jì)利益，會(huì)有不同的處理方式，有堅(jiān)持保護(hù)的，也有千方百計(jì)放棄保護(hù)的。人們常說(shuō)發(fā)展與保護(hù)是對(duì)立的統(tǒng)一，可以并行不悖實(shí)現(xiàn)雙贏，這只能是抽象概念和宏觀把握，不能代替處理具體地點(diǎn)、具體保護(hù)對(duì)象與具體開(kāi)發(fā)建設(shè)項(xiàng)目間的具體矛盾沖突，因?yàn)橐呀?jīng)很具體了，雙贏的目標(biāo)趨向會(huì)受到雙方相互掣肘限制。人們也總結(jié)人類幾千年文明史，面對(duì)嚴(yán)重環(huán)境問(wèn)題高度重視走可持續(xù)發(fā)展道路，不斷采取各種有效措施，尤其突出強(qiáng)調(diào)了保護(hù)生物多樣性、維護(hù)自然生態(tài)利益的極端重要性，但這并不代表自然保護(hù)區(qū)必然會(huì)優(yōu)先于經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展，在各種矛盾沖突中都能勝出，確保順利到達(dá)目標(biāo)彼岸。所以，現(xiàn)在自然保護(hù)區(qū)事業(yè)雖然在總體上取得較大成就，但許多保護(hù)區(qū)都面臨著嚴(yán)峻挑戰(zhàn)，一些自然價(jià)值高度沒(méi)有得到很好維護(hù)，有些甚至遭遇被開(kāi)發(fā)破壞的厄運(yùn)。
我國(guó)自然保護(hù)區(qū)工作走到今天，雖然在完善目標(biāo)覆蓋、全面發(fā)揮各項(xiàng)功能上還存在不小差距和許多困難，如保護(hù)目標(biāo)導(dǎo)向下合理的空間布局和面積規(guī)模，珍稀瀕危物種的生境改善和種群復(fù)蘇，土地使用權(quán)人經(jīng)濟(jì)利益受損后的（生態(tài)）補(bǔ)償及區(qū)社和諧關(guān)系的構(gòu)建，科研監(jiān)測(cè)、宣傳教育要達(dá)到的高度，旅游休閑、影視拍攝等非資源消耗性利用活動(dòng)的合理掌控，進(jìn)一步完善工作體制、機(jī)制以降低成本、提高效能等。但除有針對(duì)性新建自然保護(hù)區(qū)適應(yīng)一些自然對(duì)象物的搶救性保護(hù)需要外，最緊迫也是最棘手的問(wèn)題，仍然是如何正確應(yīng)對(duì)與發(fā)展的矛盾和利益沖突，切實(shí)維護(hù)自然保護(hù)區(qū)不被實(shí)質(zhì)性開(kāi)發(fā)破壞的大局。大家都在講加強(qiáng)保護(hù)區(qū)管理，也有不小的人、財(cái)、物成本開(kāi)支，但許多自然保護(hù)區(qū)地位并不穩(wěn)定，盡管它由人自主設(shè)立，可是人亦常常還其以眼色，新的開(kāi)發(fā)建設(shè)不斷，一些保護(hù)區(qū)被通過(guò)各種方式改變了自然之常態(tài)，成為典型的經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展區(qū)域，甚至出現(xiàn)“保護(hù)區(qū)”變成“開(kāi)發(fā)區(qū)”的現(xiàn)象（中國(guó)環(huán)境報(bào)，2012.3.16），自然保護(hù)區(qū)也需要被保護(hù)的呼聲不絕于耳。這是關(guān)乎自然保護(hù)區(qū)事業(yè)成敗的重大問(wèn)題，解決的關(guān)鍵是在何原則下來(lái)處理自然保護(hù)和發(fā)展、和經(jīng)濟(jì)利益的關(guān)系，決定性因素在于人，在于決策者的睿智和堅(jiān)守，也在于廣大公眾的決策參與。
以發(fā)展壓保護(hù)，不堅(jiān)持保護(hù)，放棄保護(hù)，是錯(cuò)誤的，誰(shuí)也擔(dān)當(dāng)不起此一歷史責(zé)任；脫離實(shí)際搞過(guò)度保護(hù)，也不是科學(xué)的態(tài)度，將加劇更大范圍內(nèi)人與自然的矛盾；不能合理救濟(jì)為自然保護(hù)區(qū)事業(yè)做出貢獻(xiàn)的地方和人民盡快趕上全國(guó)發(fā)展的步伐，僅靠他們的熱情和自上而下的要求搞保護(hù)，亦絕難長(zhǎng)久堅(jiān)持。我們要積極主動(dòng)地面對(duì)保護(hù)與發(fā)展業(yè)已存在的和有可能新發(fā)生的各種具體矛盾和利益沖突，努力從指導(dǎo)思想、經(jīng)濟(jì)政策、體制機(jī)制等方面尋求新的突破，提供良好的保護(hù)環(huán)境，呵護(hù)自然保護(hù)區(qū)事業(yè)一路走好，實(shí)現(xiàn)其偉大歷史使命。我國(guó)現(xiàn)代自然保護(hù)區(qū)事業(yè)雖然已有幾十年歷史，保護(hù)區(qū)面積占國(guó)土面積的比例也已達(dá)到約15%，但和悠久的人類文明史相比還很幼稚，在到處充滿著的人類活動(dòng)威脅下還存在很大的不確定性。自然保護(hù)和保護(hù)區(qū)還需要在同以經(jīng)濟(jì)發(fā)展為中心的社會(huì)主流價(jià)值觀念、主體運(yùn)行模式以及不同行業(yè)、部門、地區(qū)、社會(huì)群體甚至個(gè)人利益的矛盾磨合中曲折前行，猶如逆水行舟不進(jìn)則退，我們對(duì)此應(yīng)該有充分的估計(jì)，有能力科學(xué)應(yīng)對(duì)各種情況并大有作為才對(duì)。